Vor den Toren der Stadt gründete Bischof Brantog im 11. Jahrhundert das Johanniskloster, welches im 12. Jahrhundert in einen Stift der Augustiner Chorherren umgewandelt wurde. Besondere Verdienste erwarben sich leitende Mitglieder des Stiftes im 16. Jahrhundert. Sie lehnten sich als Erste in der Stadt gegen das Papsttum auf und legten den Grundstein für die evangelische Johannisgemeinde und die Religionsfreiheit in Halberstadt. Zwischen 1060 und 1631 wurde es fünfmal zerstört, zuletzt im 30-jährigen Krieg durch die Schweden. Deshalb ist es nicht verwunderlich, das gerade Persönlichkeiten wie die Tochter Gustav Adolfs von Schweden, Königin Christine und der schwedische Marschall Torstenson Geld für einen Neubau der heutigen Johanniskirche spendeten.