Die Andreaskirche war die Klosterkirche des am Ende des 13. Jahrhunderts gegründeten Franziskanerklosters. Es wurde noch zu Lebzeiten des heiligen Franziskus gegründet. Die Andreaskirche selbst wurde gegen Ende des 14. Jahrhunderts errichtet. Entsprechend der Ordensregel der Franziskaner wurde sie als turmlose Hallenkirche gestaltet.
Das Franziskanerkloster wurde 1810 säkularisiert (Enteignung des kirchlichen Besitzes). 1920 kamen die Franziskanermönche zurück und betreuen seitdem die Andreasgemeinde.
Beim Bombenangriff auf Halberstadt im April 1945 schwer zerstört, wurden 1951 zunächst nur der Chor und die Klostergebäude wieder hergestellt. Erst 1985 erfolgte der Wiederaufbau und die Weihe des Kirchenschiffs.